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鞭毛亚门(Mastigophora)动鞭毛纲(Zoomastigophorasida)各科的鞭毛虫所引起的家畜原虫病的总称。
鞭毛虫具1根或多根鞭毛，虫体随鞭毛运动而向前推进，无性生殖呈纵分裂，有的则产生包囊。鞭毛虫分为两大类：血鞭毛虫寄生于动物血液、淋巴和组织中；其他鞭毛虫寄生于动物肠道和其他腔道中。与兽医学关系重要的鞭毛虫有各种锥虫，利什曼虫、毛滴虫、组织滴虫等等。它们分别引起畜禽的锥虫病，利什曼虫病，毛滴虫病，组织滴虫病等。
其中有些是重要的人畜共患寄生虫病。
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