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在脱氧核糖核酸双螺旋结构中，核苷酸所含的嘌呤和嘧啶碱基的堆积状的排列方法方式，称为碱基堆积。
碱基位于分子的中心，碱基环平面与螺旋的轴成直角，碱基纵向堆积成垛，彼此相距0．34nm。在两股多核苷酸链中彼此配对的碱基，占有同一平面，以氢键相连接。
成垛碱基之间的纵向作用力(范德华力和去极化力)，就是碱基堆积力。
在维持DNA双螺旋结构稳定方面，碱基堆积力比氢键更为重要。
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