（二）分口领导时期1956—1976年

1956年，国务院成立农垦部。黑龙江省建立了第一个中央直属农垦局——铁道兵农垦局， 管辖以八五○农场为代表的铁道兵农场群。为了便于管理， 就近接收了部分劳改农场和省属农场。1958年， 10万官兵开发北大荒，以场扩场， 改名为牡丹江农垦局。计有： 八五○、八五一、八五二、八五三、八五四、八五五、八五六、八五七、八五八、八五九、八五一○、八五一一农场和牡丹江军马场。
同年， 黑龙江省新建第二个中央直属农垦局——合江农垦局， 创建一批军垦农场， 并接收了部分省属农场。计有： 江滨、军川、延兴、名山、青年、二九○、二九一、五九七、绥滨、宝泉岭、伏宝基河、汤原、集贤、七星、勤得利、曙光、友谊、依兰农场。
1962年3月， 黑龙江省政府根据东北局和省国营农场会议关于调整农场场队规模和管理体制的精神，将九三农场所属分场、赵光农场所属分场、查哈阳农场所属分场， 改为独立农场。撤销原来的总场部， 设立黑龙江省农业厅九三、赵光、查哈阳、红色草原等4个地区国营农场管理局。同年8月14日， 国务院同意黑龙江省设农垦厅。上述4个地区国营农场管理局改为省农垦厅九三农垦局、赵光农垦局、查哈阳农垦局、红色草原农垦局。1964年， 增设黑河农垦局。这6个局所辖的农场是： 九三农垦局： 鹤山、大西江、红五月、铁峰、跃进、尖山、荣军、高峰农场。赵光农垦局： 通北、东方红、黎明、涌泉、建设、双丰、红星、共青团、晨光农场。查哈阳农垦局： 金光、金星、金边、丰收、绿色海洋、稻花香、太平湖、幸福之路、阿伦河、万发、新立农场。红色草原农垦局：东风、星火、红骥、春雷、红卫星、工农、五星、银浪、巨浪牧场。黑河农垦局： 红色边疆、沿江、新华、东山、北方农场、黑河马场、沾河野生动物饲养场。省农垦厅直属： 克山、二龙山、宁安、海林、庆阳、红旗、十一、肇源、红光、万宝农场， 和平种畜场， 龙头马场， 齐齐哈尔种畜场。
1962年11月18日， 中共中央和国务院， 决定将合江农垦局和牡丹江农垦局合并， 于1963年1月在佳木斯市成立东北农垦总局。总局是农垦部的直属局， 是农垦部在东北地区的派出机构， 同时受中共中央东北局和中共黑龙江省委的领导。总局下设虎林分局、密山分局、萝北分局、饶河分局， 共辖原牡丹江、合江农垦局所属农牧场32个， 其中直属三级制农场5个， 直属两级制农场7个。
1966年3月， 中国人民解放军沈阳军区所属部队万余名转业官兵， 分批到达东北农垦总局、省农垦厅、省水产局所属29个边境农、牧、渔场插队， 组建了黑龙江生产建设兵团黑河农建第一师和合江农建第二师。
1968年6月18日， 中共中央、国务院、中央军委和中央文革小组共同发出 《关于建立沈阳军区黑龙江生产建设兵团的批示》， 撤销东北农垦总局和省农垦厅， 将所属农场以及黑河农建一师、合江农建二师， 合编为5个师、58个团。1969年， 兵团开发扶远荒原， 新建第六师， 6个团。
1968年黑龙江省撤销农垦厅时， 将部分农场下放地市县领导。1972年， 黑龙江省政府决定再次成立国营农场管理局， 收回下放农场。管理局下设嫩江分局、合江分局、绥化分局、黑河分局、呼伦贝尔分局、大兴安岭分局， 共管辖71个农牧场。
经上述变动， 多次分合， 全省国营农场基本归属两大系统： 沈阳军区黑龙江生产建设兵团所属农场；省国营农场管理局所属农场。