（三）农牧区医疗管理

1949—1952年，新疆省人民政府卫生处开始在牧区和半农半牧区建立医疗保健机构，并派医疗队、工作组到边远农牧区进行免费医疗，同时开展卫生宣传及人员培训，为农牧区卫生工作打下了基础。
1961年，自治区卫生厅设立了农村卫生工作办公室，加强对农村卫生工作的统一领导和管理。1963年召开全区首届公社卫生工作会议，制定了《新疆维吾尔自治区公社（区）卫生院管理规则》、《新疆维吾尔自治区公社（区）卫生院工作制度》及《新疆维吾尔自治区公社（区）卫生院工作人员职责分工》，使农村卫生工作进一步制度化、规范化、统一化。1965年，全区公社卫生院人员全部列入国家卫生事业编制，人员工资由国家全包，同时对农牧区的医疗费用，实行边境地区全包，其它地区根据情况进行减免的办法。1966年，又将卫生院的经营管理由“看病收费、单独核算、自负盈亏、民主管理、按劳分配”的原则，改为 “面向生产、预防为主、社队所有、国家扶助、民主管理、勤俭办院（所）”的原则，进一步加强了公社卫生院的工作。1968年，全区卫生医疗单位组织“6. 26”医疗队，深入农村开展巡回医疗工作。1972—1977年，自治区投资加强公社卫生院的医疗器械装备，使80%的公社卫生院装备了腹部手术器械包、手术床、高压锅、X光机、显微镜等器械，其中部分卫生院可进行下腹部手术，常规化验和透视等医疗项目；同时，对卫生院业务人员有计划地进行培训和进修，使他们业务水平有了较大提高。
中共十一届三中全会以来，新疆对医疗体制逐步进行了相应的改革。1984年初，全区农牧区基层卫生组织经费补助由国家按人头和困难程度全包的办法，逐步改为独立核算、自负盈亏、定额、定项补助（牧区和边远农区除外），改变了过去国家包的过多、管的过死的局面。1982—1984年，自治区财政每年拨款200万元作为赤脚医生的专项补助经费，平均每个赤脚医生每月补贴近20元。1985年，自治区决定乡卫生院一律按集体所有制管理，财务上实行“独立核算、自负盈亏、按劳分配”的管理办法，国家在财力可能的情况下给予适当补助。乡村医生及卫生员的国家补贴办法，仍按完成卫生防疫、妇幼保健等项工作的多、少、优、劣实行金额浮动，牧区高于农区，对边远、贫困地区给予一定的优惠。1987年，自治区召开了农村卫生改革经验交流会并成立了自治区农村卫生协会。1991年，下发了 《新疆维吾尔自治区甲级卫生室（所）建设标准》（试行）。同年，自治区开展地、州、市级以上城市医院对口支援县医院的工作，共有33个城市医院对33个县医院实施技术支援任务。通过对口支援，县乡医院（卫生院） 的医疗技术水平普遍有了提高。1991年12月，自治区人民政府印发了 《新疆维吾尔自治区乡（镇）卫生院管理暂行办法》及 《新疆维吾尔自治区村卫生室 （所）管理暂行办法》，对自治区乡 （镇） 卫生院和村卫生室（所）的机构、任务及管理办法等都作了详细规定。同年，自治区卫生厅从卫生基本建设经费中挤出76万元用于乡镇卫生院的建设，自治区财政部门又拨专款200万元，专门用于农村的卫生基本建设，全区有79所乡（镇）卫生院完成了危房改建任务，有386个村卫生室着手重建。1992年5月，自治区决定在4年内，每年安排1 300万～1 500万元的农区卫生建设专款，用于乡镇卫生院的建设，至1995年底，全区723所乡镇卫生院实现了“一无三配套”(即无危房，人员、设备、房屋三配套) 的目标。