（一）农作物病、虫、草害

新疆农作物病害和虫害各300余种，杂草238种，总计近千种。年发生灾害面积133万～200万公顷，严重成灾面积20万～33万公顷。病虫害一般可使粮食、棉花、果品和蔬菜减产分别达8%～10%、15%～20%和30%～50%，农田杂草可使作物减产约10%～20%。
1.病虫害。
(1)小麦病虫害。严重危害小麦的病害有腥黑穗病和锈病。腥黑穗病在新中国成立初期每年可使小麦减产5万吨以上，至1957年已基本控制，疏于防治的年份，仍危害严重。锈病大流行的1960年达22.3万公顷，阿克苏地区的重病区发病面积占小麦总播种面积的63.9%，减产20%左右。喀什地区小麦线虫病，伊犁地区的全蚀病，流行年份均可造成严重危害。
虫害以蚜虫类为主，80年代以前为常发性害虫，以后因种植早熟品种，危害减轻。北疆地区的皮蓟马、显纹地老虎，昌吉回族自治州的冬麦地老虎，博尔塔拉蒙古自治州的黑森瘿蚊等是间歇性大面积危害的害虫。
(2) 水稻病虫害。稻瘟病遍布于各水稻产区。米泉县1958年遭病害减产稻谷30%左右。虫害中主要是稻水蝇蛆，以盐碱地受害为重，可造成水稻漂秧和苗弱。主要病虫害还有水稻烂秧、三化螟、稻灰飞虱、条沙叶蝉、稻摇蚊等。
(3) 玉米病虫害。主要病害有黑粉病和病毒病。南疆部分地区50年代发生病毒病后，使早玉米无法种植。地老虎类是造成玉米缺苗、断垅、枯心苗的重要虫害。玉米穗虫、叶螨和北疆地区的玉米螟，也导致玉米减产。
(4) 棉花病虫害。苗期以立枯病、角斑病发生普遍，轻的棉苗生长不良，发育迟缓，重的死苗；蕾铃期的黄萎病、枯萎病，可造成棉株枯死。棉花枯萎病近几年有加重趋势，1992年全区发病面积1. 3万多公顷，1995年扩展到近4. 7万公顷。害虫主要有烟蓟马、盲蝽象、叶螨、棉铃虫，棉蚜自80年代以来危害加重，由次要害虫上升为主要害虫。
(5)油料作物病虫害。油菜白锈病、霜霉病、白粉病，胡麻枯萎病、锈病、白粉病，红花锈病，油葵霜霉病、锈病在全区均有，导致减产和油分下降。虫害中的油菜跳甲常在苗期造成翻种、补种，胡麻铃虫、蚜虫、菜蝽、向日葵螟在全区均有分布、危害。
(6) 甜菜病虫害。白粉病、萎蔫病遍布各甜菜产区，严重发生年份可减产10%以上，含糖量降低1度多。丛根病在北疆地区于80年代发现，发病可使甜菜产量降低50%以上。虫害中主要是甜菜象甲，经常造成边种边毁。
(7) 哈密瓜病虫害。疫霉病、白粉病毒病均能造成毁灭性损失或严重减产，含糖量大幅度降低。虫害主要是瓜蚜，使植株生长发育受到抑制，甚至枯死，还是传播病毒病的主要媒体。1986年哈密地区因其危害哈密瓜减产8 000多吨。
(8) 果树病虫害。病害中主要有苹果树和梨树腐烂病，严重受害后全株枯死。虫害主要是苹果蠹蛾和梨小食心虫，蛀食苹果、梨的果实；危害树干、枝条的介壳虫类可使枝条干枯。春尺蠖和棕尾蛾在春季果树发芽后，暴食芽叶，使果树不能当年结果。全区常发生并危害严重的还有蚜虫类、叶螨类，北疆有苹果黑星病、苹果蠹蛾、梨木虱，南疆有桃白粉病、杏仁蜂、桃条麦蛾等。
(9) 蔬菜病虫害。对蔬菜威胁最大的病害是大白菜霜霉病、病毒病、软腐病。80年代对乌鲁木齐、喀什等5城市调查，一般减产15%，重的达50%,1986年北疆大面积发病减产损失1 200多万元。另一重要病害是辣椒疫霉病，大发病年份成片枯死。虫害中严重的属蚜虫类、萝卜蝇，危害大白菜、甘蓝、萝卜，造成生长不良或植株死亡。其它较重要的病害还有十字花科根肿病、茄黄萎病、蕃茄早疫病、瓜类蔬菜白粉病、病毒病、菠菜霜霉病，害虫有温室白粉虱、跳甲、菜叶蜂、甘蓝粉蝶、小菜蛾等。
2. 草害。杂草是新疆农作物的重要生物灾害之一。据1991年调查统计，农田杂草种类发生频度在20%以上，危害面积10%以上，严重危害面积1%以上。
水田中以稗草数量最大，一般每亩有20万株左右，严重的可达60万～80万株，除草不及时可损失稻谷10%～20%。旱田作物中野燕麦是春麦、油菜、甜菜等作物的恶性杂草。危害严重的春麦田可减产10%以上，高的可达20%～60%。藜、田旋花、狗尾草等是小麦、玉米、棉花、蔬菜作物中普遍发生的杂草，严重田不及时除治，可减产10%～30%。