（一）内部运行机制改革

1.科研内部运行机制。一是定向定位，明确目标。即适应社会主义市场经济，建立科研和经济相互促进的良性循环机制，立足上海，走向世界，为发展现代农业出成果、出人才、出效益。通过定向定位，明确发展方向，由纯科研向科研经营型过渡。二是调整结构，科技兴农。上海市农业科学院根据都市型农业特点，重组所级科研机构，由原来的以粮、棉、油为重点，调整为以蔬菜、瓜果、食用菌、畜禽为重点，由单一学科研究转变成多学科、多专业内联外延的交叉渗透研究和联合攻关。全院科技人员以科研为中心，以市场为导向，以效益为目标，投身于农业生产、经济建设主战场，通过中试示范、科技信息传播、科技服务、技术培训和组建科研——生产联合体等多种途径，为促进都市型、高优高农业发挥了科技的先导作用。据统计，上海郊区科技进步贡献率达到45%，年增长农业产值182亿。为实现农村“两个根本性转变”作出了努力。三是稳住一头，放开一片。科研单位在适应社会生产、社会经济的同时，遵循自身的特点，确立应用基础、应用技术、技术开发研究三者的比例。实行这些改革措施，使农业科研单位稳住一头的项目取得了突破性进展。与此同时，科技人员自觉投入科技体制改革的大潮，按照“两高三新”立题原则，开拓科研新领域，由产前延伸至产中、产后，从而使科研与经济协调发展相互促进，逐步形成良性循环。
2.财务管理。随着科技体制改革的深入发展，上海农业科研单位在财务制度上，也更多地以经济手段和竞争机制，来替代原有的运行机制，由单一拨款形式改为多类拨款形式。根据单位的研究性质和创收能力，实行事业费分类管理。改变了科研单位长期以来“等、靠、要”的局面，迫使它们探索走科技与经济相结合的新路子。二是由差额拨款单位向企业型单位过渡。对有条件向社会创收的单位，实行事业单位企业管理，独立核算，自负盈亏，节约归己，超额奖励。三是建立各类基金。上海不少农业科研单位在搞活事业费拨款形式的同时，相继建立了科研发展基金、经济开发基金、青年科技基金、培养人才基金等。抓好微观，搞活一头，也搞好宏观调控一头，保证科研单位重大科研、经济项目的顺利实施。四是盘活资金。上海农业科研机构普遍成立了专门的统资融资机构，在一定程度上解决农业科研院所与经济实体在资金运行中的暂时困难。
3.人事管理。上海农业科研单位在人事管理改革上，主要是贯彻实施了“三个机制”和“一个工程”。一是科技人员的评聘分离制。针对科研单位“拥有高级职称无实绩，有实绩的无高级职称”的状况，在科技人员中建立了评聘分离制，鼓励科技人员主动参与竞争。如市农科院食用菌研究所，实行评聘考核分离，依据实绩上职称，上岗位，使一批青年科技骨干脱颖而出。原课题主持人平均年龄由50岁以上，降至40岁左右，较好地解决了接班过渡的问题。通过评聘分离，市农科院科技人员的高、中、初职称结构也日趋合理，由“七五”时期的1:1.5:1.5调整到“八五”结束时的1:2:2.25。二是经营人员效益挂钩制。经济实体不确定行政级别，科研单位以各种方式进入经济实体的人员，在人事、劳资等方面，与原工作单位脱钩，保留编制。分配则由实体根据企业经济责任制自主确定，实体经营者收入与实体净收益、国有资产增值挂钩，职工收入与效益挂钩。三是领导干部的任期目标制。一般一任定为3年，每年度进行考核，分为优秀、合格、基本合格、不合格四类，对考核不合格干部，不到3年，即实行解任。对前三类干部3年到期重新推选，成绩优异的干部可以连任。四是“五·三·二”人才培养工程。为加速各类青年人才的培养步伐，为科研、经营型农业科研单位提供组织保障，农业科研单位制订并实施“五·三·二”人才培养工程。1997年前，相继完成50名科研骨干、30名所处级以上管理干部、20名经营人才的培养任务。