半抗原与蛋白质载体结合后形成的完全抗原叫结合抗原。某些化学物质、药物分子等多为半抗原，其抗原性质较弱，进入机体后与载体蛋白质结合则形成完全抗原，其抗原性明显增大。半抗原是其抗原的决定簇部分，1个蛋白质的载体可与1个半抗原成分结合；亦可以与2个以上不同结构的半抗原相结合，免疫后则生成2种以上的不同抗体。在医疗与免疫中此点有重要意义。
结合抗原
结合抗原就是半抗原与载体蛋白结合后所形成的抗原。通过化学方法将某些不具免疫原性的简单化合物结合在某种纯蛋白的分子上，则该蛋白获得了新的免疫原性，并能刺激机体产生相应的抗体，成为结合抗原。这种简单化合物一经与纯蛋白结合后，就构成了该蛋白质的一个抗原决定簇。例如早年Landsteiner曾借助于偶氮化反应把对氨基苯砷酸、对氨基苯磺酸、对氨基苯甲酸等分别与蛋白质连接，从而获得了结合抗原，能分别刺激动物产生抗体。这种抗体能与各相应结合抗原起免疫沉淀反应，也能与各相应简单化合物起反应，但不引起交叉反应。现在免疫学家们常将二硝基苯、三硝基苯、磷酰胆碱等连接到蛋白质的分子上以研究某些化学反应的机制。