明清时期

这一时期，回族大量进入安徽，形成两次大迁徙高潮。
第一次迁徙高潮出现在明朝初年。明太祖曾将西北回回一部“实徙江淮”。今蚌埠钱、李、回、忽4大姓回民即由山西真定迁来。由山西洪洞迁来七苏、八马、十七许于今砀山，迁安、杨、陈等姓于固镇，迁号称“六大家族”的边、赵、梅、朱、王、张姓于今寿县。颍上回民姚氏由江苏迁来，白氏由河南桑坡迁来。太和回民由北京、河南、江苏等地迁来并“集资建寺”。阜阳回民由山东枣庄迁来，凤台回民由陕西调卫而来，合肥地区回民由江西、辽宁、南京等地迁来，和县回民由陕西、山西、甘肃、河南、江苏等地迁来，安庆著名的马氏家族由山西调卫任职而来。
清初又形成了第二次迁徙高潮。由山西、河北、河南等地迁来一批回民定居寿县，从河南项城迁来回民一部定居界首，从南京迁来回民一部定居太和城关一带，从湖北沔阳、河南陈州、江苏南京迁来一批回民定居阜阳，从北京迁来一批回民定居嘉山，从山东枣庄迁来一批回民定居长丰，从陕西西安迁来一些回民定居和县。又有不少回民从各地涌进芜湖。
在回民涌进安徽的过程中，也融合了部分汉民。有的汉民因与回民联姻，改奉伊斯兰教，历经数代就自然而然地同化于回族之中了。今怀远、寿县、利辛等地这种例子不在少数。

明清时期

习指中国封建社会后期阶段，起自明洪武元年(1368)，止于清道光二十年(1840)，包含明代及鸦片战争前夕清代的历史。本时期的特点是：(1)专制主义中央集权高度发展。明建立后，在地方行政上废行中书省，设“三司”，分割了原行中书省的军、政、刑三权，各自对中央负责，中央对地方的控制大大加强。在中央，废中书省及丞相制，六部直接听命于皇帝，又设六科监察六部，都察院监督百官，五军都督府分掌全国都司、卫所，调兵权则划归兵部，形成行政、军事、监察三权分立而又互相钳制的局面，便于皇帝操纵驾驭 兵权进一步加强。清沿明制，略有变革，至军机处设立后，专制主义中央集权乃至于登峰造极。(2)统一的多民族国家的进一步发展和巩固。高度统一的政权，有利于国内各民族间经济文化的联系，边疆与内地的关系日趋密切。清前期，在各族人民的斗争和支持下，清政府有力地制止了分裂割据，维护了祖国的统一，抗击了西方殖民者的野蛮侵略，保卫了祖国的独立，奠定了我国辽阔的疆域，以汉族为主体的多民族的统一的国家得到了进一步发展和巩固。(3)封建经济高度发展。无论农业、手工业、商业、交通的发展水平均超越了前代。明代堪称我国封建社会中继汉、唐以后第三个鼎盛时期。在商品经济进一步发展的基础上，明代中后期出现了资本主义萌芽，清前期又有发展。(4)封建大土地所有制进一步发展，农民阶级与地主阶级的矛盾进一步深化。适应这种局面，封建政府被迫调整赋税的制度，一条鞭法应运而生。这一变革完成于清的“摊丁入亩”。与此并行的是人身依附关系的日益松弛。另一方面，农民起义连绵不绝，此起彼伏，最终导致了明末李自成、张献忠等为首的大起义，明确地提出了“均田免粮”的要求，成为我国封建社会史上一次大规模的农民起义。 (5)明清时期，理学虽居于统治地位，但鞭挞封建礼教、闪耀着时代光辉的思想家、哲学家、文学家、艺术家不断涌现，我国古代朴素唯物主义思想发展到了它的最高阶段，对近代资产阶级思想家具有启蒙作用。科学技术也取得了相当光辉的成就。(6)地主阶级作为一个整体来说，其落后、腐朽、反动的一面更显突出。封建政府倾注更大的功本强化思想统治，仰仗厂卫或大兴文字狱等来维护其统治。封建制度阻遏了资本主义萌芽的进一步发展，政治、经济乃至文化领域里的斗争日趋尖锐和复杂。凡此种种，正是封建社会后期的必然现象。此时，西方却完成了资产阶级革命，跨入了资本主义社会，对外疯狂地推行掠夺殖民地的政策，封建的中国成为他们掠夺的对象。在这种背景下爆发了鸦片战争。西方殖民者由此敲开了中国的大门，中国开始了殖民地、半殖民地、半封建化的历程，进入了近代时期。