菌核病为西芹的一般性病害，在老菜区零星发生。以冬春保护地生产棚室较为常见，病株率一般在10%以下，一旦发病，全株腐烂，造成一定产量损失。
1．病害识别 主要为害叶柄，多由茎基部开始染病，初呈浅褐色水渍状，迅速向各方向发展，致发病组织溃烂软腐，病部表面产生浓密絮状白霉，以后形成鼠粪状黑色菌核。有时也为害叶片，形成暗绿色污斑。空气潮湿时产生白霉，迅速向下发展蔓延引起叶柄及茎发病而腐烂，产生白霉和形成菌核。
2．药剂防治 发病初期可喷洒65%甲霉灵可湿性粉剂600倍液，或50%多霉灵可湿性粉剂800倍液，或50%利得可湿性粉剂800～1000倍液，或45%特克多悬浮剂800倍液，或50%敌菌灵可湿性粉剂500倍液，或50%农利灵可湿性粉剂1000倍液。用上述药剂的粉尘剂喷粉，防治效果更理想。