阴囊可发生一些良性病变，如水囊肿(hydrocele)、疝、精子囊肿、精索静脉曲张等，炎症性病变可有疖、脓肿、蜂窝织炎、疥疮、放线菌感染及丝虫流行区的阴囊象皮病。良性的囊肿及肿瘤可见有皮脂腺囊肿、表皮样囊肿、纤维瘤、平滑肌瘤、血管瘤、淋巴管瘤等。有一种特殊的病变称为硬化性脂性肉芽肿(sclerosing lipogranuloma)，常发生在男性成人，可侵犯阴茎、阴囊、精索、会阴部等处，可能继发于石蜡烃的注射或外伤。
大体：可见为不规则的囊性碎片，固定液表面有油性物漂浮。
大镜：典型的肉芽肿和炎症反应，纤维化。油红染色阳性，需与腺瘤样瘤、淋巴血管瘤、脂肪肉瘤相鉴别。
阴囊的恶性肿瘤可以有鳞癌、基底细胞癌、恶性纤维组织细胞瘤、平滑肌肉瘤、横纹肌肉瘤、脂肪肉瘤、恶性淋巴瘤、乳腺外Paget病等，其中最多见者为阴囊鳞癌，且多为分化好的鳞癌，局部浸润多见，而浸润到睾丸附睾者极少见，转移很晚。