引发人类尖锐湿疣的病原体为人类乳头瘤病毒(简称HPV)，该病毒也是人体皮肤寻常疣、扁平疣、跖疣等疾病的病原体。
电子显微镜下，人类乳头瘤病毒呈球形，是一种最小的脱氧核糖核酸病毒，直径为50微米。
人类乳头瘤病毒在人体组织细胞内以复制方式进行繁殖，它不能在体外细胞培养及实验动物中生长。随着核酸杂交技术的发展，人们对人类乳头瘤病毒的研究有较快的进展，目前已知该病毒有60多型，其中侵犯泌尿生殖系统的达20型以上。不同型别的人类乳头瘤病毒感染与临床表现有一定关系，其中某些型别感染与泌尿生殖系统肿瘤关系密切。尖锐湿疣感染类型以HPV6及HPV11型最常见，其他类型为HPV16及HPV18型。尖锐湿疣中同时有2或3种类型的人类乳头瘤病毒复合感染者并非少见。
人类乳头瘤病毒侵入皮肤粘膜棘细胞，存在细胞核内，引起棘细胞增生，在温暖潮湿部位最易发生繁殖。人体免疫功能降低或身体衰弱时易患本病。