采用什么样的电泳装置，取决于各自实验室的条件。饮般主张垂直板状电泳，分离胶长度120mm，凝胶厚度0．75～1．5mm，分离胶含10%丙酰胺，2．7%交链N，N’－二亚甲基丙酰胺，0．375mTris-HCl，0．1%SDS，pH8．8。堆集胶含5%丙酰胺，2．7%交链N-N’－二亚甲基丙酰胺，0．125mTris－HCl，0．1%SDS，pH6．8，10mm长。
加样：最好采用10～15ml微量加样器，样本量10μl(10mg／ml)足够了，中间的槽通常包含参考株的样品，以检测和控制重复性，参考株样本中加0．001%的溴苯酚蓝作为电泳过程的标记。电极缓冲液为0．25mTris-HCl，0．192M甘氨酸，0．1%SDS，pH8．3，样本在15mA／0．75mm下电泳直至溴苯酚蓝通过分离胶移动100mm左右，通常需4小时。
凝胶染色：通常用考马斯亮蓝R－250(0．125%)染色，最后用10%醋酸染色4小时。