与《宪法》规定的我国公民的基本权利和自由相比，《澳门基本法》确定的澳门特别行政区居民的基本权利和自由，无论是享受基本权利和自由的主体，还是基本权利和自由的内容本身，都有着显着的不同。
(1)享受基本权利和自由的主体不同。根据《宪法》的规定，只有具有中国国籍的人，才是享受基本权利和自由的主体。至于中国境内的外国人和无国籍人，《宪法》在总纲专门规定：中华人民共和国保护在中国境内的外国人和无国籍人的合法权利和利益，在中国境内的外国人和无国籍人必须遵守中华人民共和国的法律。而根据《澳门基本法》，在澳门特别行政区居民中，除中国公民外，还有外国人和无国籍人，且占了一定的比例，他们都是《澳门基本法》规定的基本权利和自由的主体。
(2)基本权利和自由的内容不同。《宪法》确定的我国公民的基本权利和自由与《澳门基本法》规定的澳门居民的基本权利和自由的内容大体相同，但后者的范围更加广泛。例如，在迁徙自由方面，我国1954年《宪法》曾作规定，但实践证明，根据我国的经济发展情况，还不能做到。因此，现行《宪法》没有写进去。而《澳门基本法》不仅规定澳门居民可以在澳门特别行政区内自由迁徙，而且只要持有有效旅行证件，又没有受到法律的制止，还可以自由出入境。又如，在生育子女问题上，《宪法》规定：夫妻双方有实行计划生育的义务，而《澳门基本法》则保护澳门特别行政区居民自愿生育的权利。
(3)法律保障不同。我国公民的基本权利和自由，由《宪法》规定，并由《宪法》和法律保障它的实现。澳门特别行政区居民的基本权利和自由，由《澳门基本法》确认，并由《宪法》、《澳门基本法》和澳门特别行政区制定的法律加以保障，全国性法律，只有极少部分直接实施于澳门特别行政区。此外，根据《澳门基本法》的规定，澳门特别行政区居民的基本权利和自由还受到适用于澳门的《公民权利和政治权利的国际公约》、《经济、社会与文化权利的国际公约》和《国际劳工公约》的保障。