消毒的目的在于消灭由传染源排泄在外界环境中的病原体，以切断传染途径，防止传染病的蔓延。因此，消毒是兽医卫生防疫中的一项重要工作，是预防和扑灭传染病的重要措施之一。
为了预防传染的发生，对畜舍、围栏圈、饲养用具和屠畜在运输、饲养及产品加工，贮藏、销售等各个环节所涉及的一切设施、工具和容器等进行定期消毒，称为预防消毒。在发生疫病期间，为了消灭病畜排出的病原体，对与病畜及其产品相接触的舍、栏圈、场地、用具等进行及时消毒，称为临时消毒。当全部病畜痊愈或最好一头病畜死亡后，进行一次全部彻底的消毒，称为终末消毒。