种鸡群要对一些可以通过种蛋垂直感染的疾病进行检疫和净化工作，如鸡白痢、大肠杆菌、白血病、支原体病、脑脊髓炎等都可以通过种蛋把病传递给后代。通过检疫淘汰阳性个体，留阴性反应的鸡作种用，就能大大提高种源的质量。目前，国内一般的大型种鸡场和科研单位的种鸡场都对雏鸡危害较大的白痢杆菌做净化工作，并已取得成效。许多种鸡场在做鸡白痢净化的同时，还在饲料上下功夫，使用无鱼粉日粮饲喂种鸡。
检疫工作年年进行才能见效。不管哪一级的种鸡场都要检疫，才能提高鸡群的健康水平。如果引种场的卫生条件差，即使从疾病净化好的种鸡场引进的鸡，也可能再度感染疾病。我国地域辽阔，对种蛋、种雏的需求量大。因此，父母代种鸡场也较多，有的种鸡场做疫病净化工作，有的种鸡场则不做。因此，养殖户要从卫生条件好，种鸡进行过检疫的种鸡场购雏才可靠。