种子由胚、胚乳和种皮三部分组成。在成熟的种子中，胚已发育成一幼小果树的雏形，具有胚芽、子叶、胚轴和胚根。胚轴又可分为两部分，即上胚轴(由子叶到第一片真叶之间的部分)、下胚轴(子叶和根之间的部分)。
种子萌发后，胚根、胚芽和胚轴分别形成幼苗的根、茎、叶及其过渡区。胚的各个部分是由胚性细胞所组成，这些细胞的特点是体积小，细胞质浓厚，细胞核相对较大，细胞质中没有或仅有小的液泡，分裂能力很强。当种子萌发时，胚芽、胚根和胚轴的细胞就不断地进行细胞分裂并扩大，使种胚迅速形成幼苗。
胚乳是贮藏营养物质的场所，含有大量的淀粉、脂类和蛋白质，此外，还有无机盐、维生素等。这些营养物质是果树种子萌芽的物质基础。胚乳一般在胚的发育过程中被吸收而消失，成为无胚乳种子，如桃、樱桃、板栗、核桃等。也有些果树的胚乳，在种子成熟时，仍然存在或部分存在并贮藏营养，成为有胚乳种子，如葡萄、柿子的种子中有外胚乳。
种皮是种子的保护性结构，使种子在自然状态下能够抵抗变化的环境条件的影响而顺利地萌芽生长。组成种皮的细胞在成熟时都已死亡，这些细胞大多具有加厚的细胞壁，有的还木质化和角质化，增加种皮的硬度和不透水性，并防止病虫害的侵入。