是利用微生物与病原间的颉颃作用。有各种抗生素、生物激素用来控制病原的侵染与危害。如茶花的饼病，云纹叶枯病及多种植物的炭疽病等，用抗霉素、放线菌酮等微生物产生的抗菌素药剂进行治理。对土壤传播的病害，利用促进土中某些腐生微生物本身的生长，产生花卉与微生物间相互的颉抗作用可控制病害。还可施用抗菌肥来治理某些病害发生等。
以菌治虫，是利用寄生害虫身上的病原微生物来治虫；其病原有真菌如白僵菌寄生许多目科上的害虫。细菌如苏云金杆菌，中国武汉生产的Bt乳剂，对花木上为害的鳞翅目害虫已大量应用。病毒如核型多角体病毒(NPV)，在蓑蛾、刺蛾、斜纹夜蛾上应用。