如怀疑有传染性疾病，一般均须进行病原体的微生物学检验，包括采集病料，直接涂片镜检，病原体的分离培养和鉴定，动物接种试验等。
1．病料的采集 正确采集病料(无菌操作)是微生物学诊断的首要环节。对病料的采集应根据所怀疑疾病的类型和病变特征来确定。应采集那些病变明显、病原体含量高的组织和器官。
2．病料涂片镜检 通常用具有显着病变的器官和组织涂片，进行染色镜检。这对于那些具有特征性形态的病原微生物，如巴氏杆菌、葡萄球菌等可迅速作出诊断，且可对大多数传染性疾病提供进一步检查的依据和参考。
3．分离培养和鉴定 即用人工培养的方法将病原体从病料中分离出来。细菌、真菌和螺旋体等可选用适当的人工培养基，病毒培养一般可选用禽胚或组织培养等方法来进行，之后可用形态学、培养特性、生物化学、动物接种及免疫学试验方法作出鉴定。
4．动物接种试验 通常选用对该病原体最敏感的动物进行人工感染试验。根据其对不同动物的致病力、症状和病理变化特点等来帮助诊断。