免疫荧光是把抗体(或抗原)标记上荧光素，再与相应抗原(或抗体)结合，在荧光显微镜下呈现特异性荧光。荧光素是一种染料，Moore WEC等把此技术用于口腔细菌的荧光鉴定。对200多株细菌的蛋白电泳分析，发现具有相同蛋白电泳带的菌株，常规分析方法也证明它们属同种细菌。因此在常规分析以前，先用此技术对分离物中同种细菌做出鉴定，精确性高，而代价低，所以对于生态学和流行病学研究中鉴定一个标本中多个分离株，具有特别的应用价值。
外光或蓝紫外光的照射下，能吸收光量子而被激化，激发出的荧光是一种可见的光致荧光，目前较适于标记蛋白质的荧光色素常用的有异硫氰酸荧光素(FITC)，丽丝胺罗达明(RB200)，四甲基异硫氰酸罗达明。根据抗体反应的不同，免疫荧光测定法有直接法、间接法、补体法三种基本方法。直接法是利用荧光素标记的特异性抗体(或抗原)直接与相应抗原(或抗体)结合，以测定“未知”抗原(或抗体)；间接法是以荧光素标记抗球蛋白抗体来检测未知抗原或抗体的方法；补体法反应不稳定，非特异性反应严重，现已较少采用。在厌氧微生物的检测和鉴定中，间接法比直接法更加灵敏。故目前多采用间接免疫荧光测定法。