在流感流行高峰前1～2个月接种流感疫苗能更有效发挥疫苗的保护作用。推荐接种时间为9月～11月。各地可根据当地流行的高峰季节及对疫情监测结果的分析预测，确定并及时公布当地的最佳接种时间。
由于接种疫苗后人体内产生的抗体水平会随着时间的延续而下降，并且每年疫苗所含毒株成分因流行优势株不同而有所变化，所以每年都需要接种当年度的流感疫苗。世界卫生组织公布的2005—2006年流感流行季节北半球疫苗成分包括：甲/新喀里多尼亚/20/99(H1N1)类似株；甲/加利福尼亚/7/2004(H2N2)类似株；乙/上海/361/2002类似株。