许多柑桔病害是由真菌引起的，常见有：柑桔脚腐病、柑桔疮痂病、柑桔炭疽病、柑桔黑星病、柑桔树脂病、柑桔煤烟病、柑桔白粉病、柑桔苗期立枯病、柑桔青霉病、柑桔绿霉病等。
真菌是一类没有叶绿素，具有真正细胞核，有营养体和繁殖体之分的微生物。营养体呈丝状，并有分枝，称菌丝。菌丝分隔或不分隔，无色或有色。繁殖体有各种形状，能进行有性和无性繁殖，常产生孢子。不经过性细胞或性器官结合的繁殖称无性繁殖，所产生的孢子称无性孢子，如粉孢子、游动孢子、孢囊孢子、分生孢子等。经过性细胞或性器官结合的繁殖称有性繁殖，所产生的孢子称有性孢子，如卵孢子、子囊孢子、担孢子等。
病原真菌常以孢子萌发芽管侵入植物组织，形成菌丝，吸取寄主养分，并不断分泌毒素，致使植株发病。