鞭毛菌亚门

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孢子或配子具鞭毛能游动的一类真菌。

多数水生，少数两栖或陆生。菌体单细胞或丝状(无隔)。原下设四纲：壶菌纲(Chytridiomycetes)、前毛壶菌纲(Hyphochytridiomycetes)、根肿菌纲(Plasmodiophoromycetes)和卵菌纲(Oomycetes)。但有的学者认为只宜包括壶菌纲、前毛壶菌纲和卵菌纲三纲。

低等鞭毛菌只有单细胞或具有须或无核的根状菌丝的单细胞，繁殖时为整体产果式。高等鞭毛菌具有发达的菌丝体，无隔多核，繁殖时为分体产果式。

无性繁殖产生具有鞭毛的游动孢子，卵菌的孢子具有两根鞭毛，其他的都只有一根鞭毛；有性繁殖为同配、异配或卵配生殖，产生休眠孢子囊或卵孢子。腐生、寄生或兼性寄生。