（二）第二阶段(1966—1977年)

十年动乱中，卫生工作遭到空前破坏。领导机关瘫痪，工作停滞，医护不分，管理混乱。一些已被控制的传染病（如疟疾）再度流行。特别是在执行毛泽东主席“把医疗卫生工作的重点放到农村去”的指示时，由于理解上的片面，把县以上医院的大批医务人员下放到农村，把基层1900多个集体性质的联合诊所说成是“修正主义路线”的产物而“砸烂”，给云南的卫生事业带来了灾难。
在此阶段，由于广大医药卫生人员的努力，使云南卫生工作在艰难中仍取得了一些成绩，许多地方广泛开展了普及中草药知识的活动。从1969年开始，大力推广了公社社员自愿互利的合作医疗制度，培训了2万多名生产大队的“赤脚医生”。这对建立农村基层卫生组织，进一步改变农村卫生的落后状况曾起了积极作用。