（二） 微生物

1.植物侵染性病原微生物。上海稻、麦、油菜等农作物各有几到十几种常发、多发侵染性病害，病原微生物包括细菌、真菌和病毒。其中突出的有麦类赤霉、稻瘟、纹枯病和油菜菌核病等，是防病治病夺丰收工作的重要对象。这些病原微生物资源也是进行抗病育种工作的必要条件。上海曾长期承担国内外麦类赤霉病品种抗性鉴定等任务。
2.有益微生物。
(1)食用菌。上海从50年代始开展食用菌菌种采集、驯化、栽培工作。在蘑菇、香菇、木耳等菌种收存和育种工作上取得多批成果，先后育成双孢菇101、102，香菇8001、822、8450、8065、沪农1号、SFL1和SFL2等优良品种。1989年市农科院食用菌所收藏菌种达61属813种，为国家级食用菌、药用菌种收藏中心之一。
(2)植物保护。在杀虫微生物方面，60年代开始生产杀螟杆菌(B.t)菌剂，并长期应用于园林和蔬菜鳞翅目害虫防治，70年代分离了大袋蛾核多角病毒和B.t混用于袋蛾、刺蛾的防治，取得了良好效果。90年代筛选出防治稻纵卷叶螟高毒力菌株S543，应用面积20万公顷。在农用抗生素方面，60年代研制出防治稻瘟病的春雷霉素和庆丰霉素。70年代研制出防治稻瘟病的井冈霉素，在生产上得到大规模推广，已形成年产4 000多吨，年应用面积亿亩次的巨大产业和市场。80年代杀虫抗生素发展较快，相继研制出韶关霉素、浏阳霉素、阿维菌素(7051)等，其中阿维菌素目前在国内已形成年产值3亿～4亿元规模。在杀菌新抗方面，近年来有变构霉素、杀黑星菌素等正进入工艺和应用研究。
3.环境微生物。
(1)植物有益微生物利用。60年代研制应用赤霉素以及抗生菌五四○六。1971年研制应用细胞分裂素。70年代，研制推广紫云英、苜蓿根瘤菌，对绿肥牧草有显著增产作用，其中R-116、R-248菌株被编入世界根瘤菌保藏目录。80年代研制推广了磷细菌、钾细菌、自生固氮菌以及增产菌及其复配制剂。在植病生防方面，90年代研制了对番茄、烟草细菌性青枯病、大白菜软腐病有较好防治效果的橘抗菌荧光假单胞活菌剂——青橘散和软腐灵。
(2)环境微生物。90年代筛选研制出用于畜禽粪便处理除臭的菌剂——猪乐菌（江菌）浦。在菇料堆肥方面推广了嗜高温放线菌堆肥快速高温发酵技术。
4.畜禽传染病。1980年，制成母猪口服大肠杆菌菌苗和E.coli、K88注射用菌苗，保护率达90%。1980年，制成K88—99双联无毒注射菌苗，免疫率达94.1%。1985年，引入小鸭病毒性肝炎疫苗，有效率达96.4%。