（二）实行政企分开，理顺政企关系

政社分开以后，不少地方建立了乡镇集体经济组织，乡镇政府包揽经济组织具体经营活动的状况有了改善。但是，由于这项改革的时间不长，加上旧的习惯势力的影响，政企关系还没有完全理顺。一方面，乡一级的经济组织不是经济实体，形成了行政管理机构，代行了乡镇政府管理经济的职能，群众称之为“第二政府”；另一方面不少地方乡镇政府不尊重集体经济组织的自主权，仍包揽集体经济组织的具体经营活动，以政代企。
解决以政代企，首先明确乡镇政府管理经济的职责。中共中央、国务院《关于加强农村基层政权建设工作的通知》明确规定了乡镇政府管理经济的职责是：制定本行政区域内经济和社会发展规划并组织实施；协调本行政区域内各村、各经济组织之间的关系；监督各经济组织和个体户认真执行国家的法律、法规和政策；保障各经济组织和个体户的合法经济权益，取缔违法经营，打击经济犯罪活动；管理乡（镇）财政，指导和监督合作经济组织，做好财务会计、经济统计和其他经济管理工作；管理推广科学技术成果。这就为乡镇政府充分发挥其经济职能，又不包揽经济组织的经营活动指明了方向。
其次，改变单纯用行政手段管理经济，而以经济的、法律的、行政的等综合手段，从宏观方面管理经济。这就是说，不仅要依靠政府的权威，用计划、任务、指令等行政方法去管理经济；同时还要运用价格、税收、信贷等经济杠杆来管理经济，处理好国家、集体、个人三者之间的经济利益关系；以及运用国家制定的经济法规或当地的有关经济方面的规章制度等法制手段去管理经济。