（二）变动时期1957—1965年

1957年2月，省人民委员会开展了一次以整编为中心的增产节约运动，1958年继续紧缩编制，精简机构和人员，是年8月撤销中共广东省委农村工作部和广东省人民委员会农林水办公室，成立中共广东省委农业办公室；广东省水利厅与水利部广州勘测设计院和电力部广州水力发电设计院合并，组建广东省水利电力厅；国务院下放华南农垦总局，并改称广东省农垦厅。1959年11月；成立广东省农业机械厅，主管全省半机械化农具和农机的生产、供应和维修。农机的使用管理仍由省农业厅负责。1961年2月又将广东省电业管理局并入省水利电力厅，负责全省水利和电业的规划及水利、水电、火电、输变电的建设和管理工作。同年10月，省农业机械厅并入省机械工业厅。农业厅增设农机管理局（处级）。省农业厅、林业厅、水产厅、气象局，在这时期机构保持不变，部分业务相近的处室进行了精简、撤并、调整。1962年1月，撤销中共广东省委农业办公室，恢复了中共广东省委农村工作部和广东省人民委员会农林水办公室。同年9月成立广东省农垦厅直属农场管理局（二级局），管理不属于中央投资建设的农场。1964年9月，电力与水利水电分开，另成立广东省电业管理局，广东省水利电力厅负责全省水利水电建设工作。为加强农业机械化和动植物进出口检疫工作的领导，1964年9月，将隶属于省农业厅的农机局划出，组建广东省农业机械管理局，负责全省农机管理、维修、科研、鉴定、培训、供应和半机械化农具的推广。农机和半机械化农具的生产仍由省机械工业厅负责。1965年2月成立隶属于省农业厅的广州动植物检疫所。这一时期，机构进行了多次整编、撤并、恢复和新建，农业行政机构变动较多。

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（二）变动时期1958—1978年

1958年10月， 基层供销社下放人民公社。全省原有992个大基层社， 改为2 683个人民公社供销部， 成为人民公社的组成部分和国营商业的基层单位。供销合作社集体所有制性质被改变， “三会” (社员大会、理事会、监事会) 制度被取消； 公积金、调剂资金转为国拨资金， 移交人民银行管理。农村基层供销社变为人民公社供销部后， 给群众的生产和生活造成极大的不便。过去根据群众需要进货的灵活经营变成了上面拨什么、卖什么， 经常造成脱销和积压； 过去多渠道、活跃的农村市场变成了只此一家， 流通不畅。
1961年， 供销合作社恢复， 人民公社供销部恢复为基层供销社， 并逐步调整为按区 （镇） 组建大社，以改变基层社太多太小， 不便于管理和费用过高的问题。1965年底统计， 全省基层社为903个， 基本上回复到1957年的建制。大多数基层供销社又恢复了“三会”制度， 业务经营活跃起来， 除了执行国家计划商品购销业务外， 还开展了自营业务， 调剂农村市场。供销合作社还配备生产培植员， 提取生产培植资金， 帮助人民公社、生产队发展多种经营， 建立商品生产基地。
“文化大革命” 中， 由于县以上供销社机构撤并，基层社强调按人民公社建社， 实行贫下中农管理， 因此， “三会” 制度再次被取消， 大社再度改为小社。到1978年， 全省基层社回升到2025个。

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（二）变动时期1958—1966年

1958年6月，自治区人委决定以水利厅为基础，将工业厅所属电业处及水电勘测处合并到水利厅，设立水利电力厅，撤销水电厅。1958年10月，增设林业局，撤销林垦厅。1959年4月农业厅设立农垦局。1960年2月将农业厅属农垦局划出设立自治区农垦局。1960年2月增设农业机械局。1961年8月，农业机械局与机械工业局合并，设立机械工业厅。1963年8月，将水利电力厅农排管理局、机械工业厅农排处、修配处、农业厅的机械处、自治区机电公司的农机科及供销社的配件科合并设立农业厅农业机械管理局。1964年4月，设立自治区农业区划委员会，下设农业区划办公室和农业区划队，办公室设在自治区科学技术委员会内。1965年11月，设立自治区水产局，水产局主管海洋渔业业务，与自治区水产供销公司、钦州地区水产局、地区水产供销公司合署在钦州办公。
1964年8月，农村工作部改为农村政治部。1964年10月，自治区人委会又增设农林办公室。这一时期，机构进行整编、撤并、恢复和新建，农业行政机构变动较多。