（二）动乱受阻阶段1966—1976年

“文化大革命” 10年， 全省农业科学研究事业， 在 “左”的错误干扰下， 遭受严重破坏。这期间， 科学研究工作大部分处于停顿状态。少量的科研人员在极度困难条件下， 将50年代和60年代前期遗留下来的有价值未完成的课题。包括选育的亲本和杂交后代材料， 重新恢复研究， 以及对生产急需解决的问题又新立课题。经过努力， 也取得一定效果。
1.农业 （种植业）。黑龙江省农业科学院建制被撤销， 改成农业科学实验所， 外地直属科研所（站） 一律下放到地、县领导， 嫩江、牡丹江农业科学研究所下放到地区领导， 改成“五七”干校和 “五七”公社 （干校）。直到1972年11月才恢复了黑龙江省农业科学院建制，但人员不齐， 在“左” 的错误没有纠正情况下进行了科学研究工作。如将1963年以合丰5号为母本， 丰收2号为父本进行有性杂交后代材料继续试验， 而后育成 “合丰22号” 大豆新品种。1973年由农业行政、高等院校、科研单位协作，进行深松耕法研究， 采取试验、示范、推广相结合，使“深松耕法”研究成果在全省应用， 取得增产好效果， 到1975年应用面积达320多万公顷， 而后成为常规增产措施， 纳入田间生产耕作程序。育成马铃薯品种 “克新一号”。
2.畜牧兽医。1968年8月， 黑龙江省畜牧研究所下放给嫩江地区， 改为嫩江地区畜牧科学研究所，同年9月被嫩江地区撤销， 改为嫩江地区“五七” 干校。黑龙江省兽医科学研究所于1968年10月下放给富裕县领导。隶属中国农业科学院的哈尔滨兽医研究所也下放到黑龙江省地方领导。在十年动乱期间， 畜牧兽医科研人员付出更多的艰辛进行大量研究工作，并获得重要成果。如研制成“家畜布氏杆菌病羊种五号弱毒菌苗”； 牛精液冷冻保存技术利用； 研制出“马传染性贫血病弱毒疫苗”， 是对马传贫慢性病毒免疫理论的一重大突破， 被认为是国际兽医科学的创举； 研制鸡新城疫细胞苗。
3.农业机械。1972年贯彻第二次全国农业机械化工作会议精神后， 研究机构得到恢复和发展。研制成农田建设方面的机具有：ZZSTI型筑埂渠机、CP—1.5铲抛机、ZLX—60型筑埂机、ZL—60坡地筑埂犁、ILA—345型双向犁等。
4.林业。在恢复科研机构同时， 开展研究工作，主要成果有： 704型森林化学灭火剂， 介乙醛 （四聚乙醛） 冷云催化剂， 带锯锯齿强化技术。
5.水产。1970—1975年省水产科学研究所等单位合作， 利用电厂余热促使草、鲢鱼提前产卵繁殖的科研项目取得成效， 并在哈尔滨、齐齐哈尔、牡丹江、佳木斯等电厂推广应用， 效果显著。
6.水利。1972年研制出黑龙江省第一个喷头，命名 “龙江101型喷头”， 在此基础上， 1975年研制出 “龙江101A型”第二代喷头， 为全省农田灌溉扩大喷灌面积创造了条件。
7.农业气象。70年代后期主要进行作物低温冷害研究， 对大田作物低温冷害指标鉴定。寒地水稻冷害指标成果在生产实践中得到推广应用。