（二）“文化大革命”时期1966—1976年

1966年开始的“文化大革命”，使广东农业科研事业受到严重摧残。运动开始不久，一批老专家被打成“资产阶级学术权威”受到冲击，科技人员被卷入“打内战”的派性斗争中，科研工作逐步陷于停顿或中断。1968年底，省农科院被撤销，82%的科技人员下放“五七”干校，全院只留下科技人员和管理干部84人，与省农业厅、林业厅、水产厅及中科院中南分院的一些场、所、校合并成立广东省农林水科技服务站，原有研究所、系全部改成队、组，品种资源、技术档案和仪器设备受到严重损失。全省100多个县（市）农科所，有近半数被并入农场、干校、生产队。据38个县的调查，农业科技人员改行的占72%。到“文化大革命”结束时，全省地、县两级142个农科所、良种场只剩下42个，试验基地从11万多亩减少到1万多亩，干部队伍从1 700多人减少到400多人。
但是，在极其困难的条件下，广东农业科技人员仍同极左路线的倒行逆施进行了不同程度的斗争，有些人仍坚持科研工作，广东省农科院水稻育种专家黄耀祥被打成“反动学术权威”下放干校后，仍偷偷地保留自己选得的“广秋矮”变异株的少量种子，放在自己住所的阳台上用盆栽继续培育，并转移到罗定县基层农技站继续培育，于1968年选育出两个矮秆高产水稻新品种“朝阳矮”和“向阳矮”。同一时期，农林水其他方面的科研也取得一批重要成果。选育出水稻新品种“窄叶青”、“二白矮”、“青二矮”，花生“粤油22”、黄麻“713”、“681”，烤烟“广黄10号”，家蚕“东34”，研究推广了红萍、绿肥新品种和氮肥、磷肥施用技术及“井冈霉素的土法生产及应用”。省林科所科技人员在下放到丰顺县接受贫下中农“再教育”的过程中，开展了紫胶高产放养技术研究，创造出放收比为1: 38的高产纪录。研究解决了白僵菌大规模生产的技术难题，为防治马尾松毛虫作出了贡献。1964—1965年南海水产研究所开展“牡蛎采苗预报”的研究获得成功。该成果在1979年获得广东省科学大会奖。
“文化大革命”后期，广东农业科研机构逐步得到恢复和重建。1972年5月，省委批准恢复省农科院，下放干校的科研人员陆续调回。科研工作在调整中逐步得到恢复和发展。1972—1973年，相继成立了粮食作物、经济作物、土壤肥料、植物保护、畜牧兽医、蚕业、果树等7个研究所。1976—1977年，全省106个县恢复建立了农科所，1 500个公社建立了农科站，农业科研人员已有万人左右。

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（二）“文化大革命”时期

这一时期思想建设中突出的问题是， 以搞运动的方式进行思想教育， “左”的做法十分严重。农村基础教育受到冲击， 教育质量下降。农村精神文明建设的阵地和设施遭到不同程度的破坏， 农民文化生活单调， 精神文明建设服从和服务于经济建设的功能遭到削弱。