（三）六大水系水质现状

按GB3838-88地面水环境质量标准评价水资源质量，Ⅰ～Ⅲ类水水质为优和良好，Ⅳ类水已受较重污染，Ⅴ类和超Ⅴ类已受严重污染。
金沙江水系：干流上游水质良好，符合Ⅱ类好水。中下游为云南、四川界河，受到污染，水质变差。支流漾弓江丽江段、龙川江楚雄、元谋段、螳螂川、新庄河华坪段水质污染严重，达到Ⅳ～Ⅴ类，其他河流多为Ⅱ～Ⅲ类水，无污染或有轻度污染。
南盘江水系：南盘江干流的沾益、曲靖、陆良、宜良及开远泸江汇入后的下游段污染相当严重，达Ⅳ～Ⅴ类，甚至超过Ⅴ类。南盘江干流大部分河段水质都很差和较差。支流泸江开远段污染相当严重，水质超Ⅴ类，主要污染物是有机物、氨、氮、砷、酚、石油等。北盘江宣威段污染也相当严重，超过Ⅴ类，主要污染物是氟、氨和氮。曲江的峨山小街段、枯水期甸溪河锁龙寺段污染也较重，水质达Ⅳ～Ⅴ类，主要污染物是有机物、氨、氮等。
红河水系： 上游水质较好，蛮耗段有铜污染，水质达Ⅳ类，出境为Ⅲ类。星宿江禄丰下游段受一平浪盐矿污染，水质可达Ⅳ类，主要污染物为氯化物和氨、氮、重金属，水质可达Ⅳ～Ⅴ类。绿法江受铜矿污染，水质也达Ⅳ类，主要污染物为重金属和氨、氮。其他河流水质较好。
澜沧江水系：干流从上游到下游，虽有污染较重的支流汇入，但因干流水量大，对干流影响都不大，干流水质一般都不超过Ⅲ类，仅是总磷偏高。支流比江受兰坪铅锌矿污染，兰坪以下河段水质达Ⅳ～Ⅴ类，主要污染物为铅、镉。西洱河及西洱河汇入段的黑惠江污染也很大，水质达Ⅳ～Ⅴ类，主要污染物是有机物、氨、氮、酚。南拉河的澜沧铅矿下游段有铅、镉污染，水质也达Ⅳ类。枯期流沙河勐海段因有机物污染水质可达Ⅳ类。
怒江水系：干流水质较好，多为Ⅱ～Ⅳ类，但总磷含量偏高。
伊洛瓦底江水系：水质较好，污染较轻。
除以上提及的污染河段外，较大城镇和工矿企业附近河段水质都会不同程度受到污染，因而水质一般较差。
九大湖泊水质状况是：水质良好的Ⅰ～Ⅱ类湖泊是泸沽湖；抚仙湖、洱海、阳宗海为Ⅱ～Ⅲ类；程海、星云湖为Ⅲ～Ⅳ类；滇池外海、杞麓湖为Ⅳ类，异龙湖为Ⅴ类，滇池草海超过Ⅴ类。湖泊主要污染物是有机物、总氮、总磷，氮磷物质使湖泊富营养化，藻类繁生，水质变差，降低使用功能。