（一）支付系统改革

高效安全的支付结算系统对于保证资金周转的顺畅、安全和金融体系的稳定具有重要作用，因此，世界各国（地区）中央银行大多非常重视对支付结算系统的管理。香港支付系统长期以来由作为商业银行的汇丰银行管理。汇丰银行在香港支付系统中的这种特权，不仅使其他银行处于不公平的竞争地位，而且使得银行监管当局无法及时了解每家银行的流动资金状况，不能及时了解银行体系的流动性问题。而且，该系统只能做到翌日（或称隔夜）结算，不但结算时间长、效率低，还可能发生支付过程中的信用风险等各种风险，这与香港国际金融中心的地位很不相称。
为此，香港金融管理局于1993年成立后，立即开始进行以即时全额支付系统为目标的改革。1995年，金融管理局与银行公会以各拥有一半股权的方式，组建了香港银行同业结算有限公司，负责香港支付系统的管理和运作。1996年12月9日，即时全额支付系统正式在香港开通。
即时全额支付系统的开通对香港银行业产生了重大影响。商业银行管理清算系统的历史彻底结束。香港金融管理局为所有持牌银行直接开立清算账户，可随时监测所有持牌银行的资金运行，并可及时发现并控制香港银行体系的风险。从系统设计上来看，香港即时全额支付结算系统达到了国际先进水平，银行资金结算由过去的隔夜净额结算改为即时全额结算，从而消除了资金在清算过程中的系统风险。
此外，由于香港债券市场一直不很发达，金融管理局成立后就致力于推动债券市场的发展，其中一项重要工作就是，金融管理局于1994年推出了“债券工具中央结算系统”，为香港的债务市场建立了一套安全有效并能与国际联网的结算及托管系统。