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由细菌以外的因素所致食物中毒。较少见，约占食物中毒的10—20%，病死率较高，无明显的季节性。可分以下几类：1.有毒动植物组织食物中毒，如河豚鱼、鱼类组织胺、毒蕈、发芽马铃薯、木薯、白果等；2.化学性食物中毒，如砷、亚硝酸盐、农药等；3.真菌性食物中毒，如赤霉病麦、霉变甘蔗、臭米面等。
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