里西E.A.Mischerlich

在1843年提出发酵和腐烂都是微生物的作用。施乐辛(T.Schloesing)和明次 (A.Muntz)实验证明土壤中铵转化为硝酸是“发酵有机体”的作用。1887年维诺格拉斯基(С.Виногралский)发现了将铵氧化为硝酸的细菌，以后又证明它们是亚硝酸细菌和硝酸细菌之间的接力作用，这两类细菌具有前所未知的能源营养需求——化能矿质营养。1888年拜叶林克(M.W.Beijerinck)最先分离出能够在共生条件下将分子态的氮气转化为固定态氮化物（固氮作用）的根瘤菌；并在1902年分离出能独立固氮的固氮菌。
大分子有机物质的腐烂分解、有机肥料的分解和矿化，是多种微生物的协同和接力作用。占植物成分一半的纤维素能被多种微生物分解，第一种厌气性纤维素分解细菌是奥梅良斯基 (В. А.Омелянский)在1899年分离出来的。
过滤性病毒的发现 微生物学在19世纪后半期崛起时，主要的研究对象是细菌和真菌，它们可以在光学显微镜下观察，大多数种类能够在培养基中生长，采用适宜的过滤器可以将它们和培养液分离。1892年伊凡诺夫斯基发现，患有花叶病的烟草的汁液经细菌过滤器滤过后，仍然保存着感染和可引起病害的性能。这是非细胞生物——病毒的首次发现，从而开创了非细胞生物在基础生物学、医学和农学中的重要研究领域。
微生物学在20世纪的发展 微生物学进入20世纪持续旺盛地发展着。一方面在发酵工业（以后发展为生物工业）、医药卫生和农业生产中不断地扩大战果，产生着巨大的社会效益和经济效益； 另一方面发展着微生物学的基础理论，并成为普通生物学基础理论的重要支柱之一。
布西纳在20世纪初发现的无细胞乙醇发酵开创了生物代谢过程的化学研究。对肌肉糖酵解和酵母糖酵解的平行研究，逐渐地显示了它们在本质上的同一性。随后又发现动物需要的“维生素”和一些微生物需要的“生长因子”在化学结构上是相同的。它们是多种辅酶的前体，这些辅酶又是细胞代谢和酶功能的表达所必需的。从而验证了一切生命系统在代谢水平上本质的同一性。微生物的生物化学实际上也为普通生物化学提供了基本知识和操作技术。在微生物遗传学和生物化学的基础上，促进了现代遗传学的发展。20世纪分子遗传学的崛起，它的一些研究成果和重要概念的形成，均来自微生物遗传学的研究。1941年比德尔 (G.W. Beadle)和塔特姆(E. L. Tatum)分离出脉孢霉的一系列生化突变株，开创了生物遗传的研究领域，提出 “一个基因一个酶”的著名论点。1944年，艾弗里(O.T.Avery)、麦克劳德(C.MacLeod)和麦卡蒂(M.Macarty)发现细菌基因的转化过程，证明细菌的基因物质成分是DNA。以后的研究又证明DNA是所有生物的基因物质成分 (有些病毒的基因物质是RNA)。从此使遗传学的研究深入到分子水平，并在细菌质粒和噬菌体以及限制性内切酶研究的基础上开展了基因工程的研究，为今后工农业生产和医学等方面所应用。
由于微生物不是生物分类系统中的一个类群，所以不存在统一的微生物分类学。细菌、病毒、真菌、藻类、原生动物都有它们独立发展的分类和鉴定学。细菌分类现以1984年出版的《伯杰系统细菌学手册》为细菌鉴定和分类学的权威著作。现在还缺乏能反映细菌系统发育的学术基础。
微生物学的分科 微生物学是按三维分科的。首先按照微生物的类群分学科，包括病毒学、细菌学、真菌学、藻类学和原生动物学。第二，根据社会意义和经济发展可分为： ❶医学（包括兽医）微生物学，它包括病原微生物学、流行病学、免疫学和环境医学；
❷工业微生物学，包括发酵微生物学、食品加工微生物学、抗生素学、酶制剂学和生化产品微生物学、沼气和能源微生物学；
❸农业微生物学，包括植物病理学、土壤微生物学、农产品加工微生物学。鉴于生活和生产环境的污染，环境微生物学已发展成为微生物学的一个综合性分支。第三，基础微生物学的分科，它包括微生物分类和鉴定学、菌种资源和保藏、微生物生态学、微生物生理学和生物化学、微生物遗传学。微生物育种是工、农业微生物学的一个重要分支学科。基因工程和细胞工程是生命科学的新兴学科； 微生物基因工程是基因工程的先锋学科。
微生物学与农业 微生物学多层次服务于农业生产。植物生产中，有机物质的矿化和腐殖质的形成是土壤肥力的主要因素，而微生物则是其中许多环节的必需转化因子。大气中的分子态氮主要靠共生的和自生的固氮微生物转化为植物可以吸收的氮化物，内生和外生的菌根菌提高了植物吸收矿质养料，特别是吸收磷素的能力。水体中的浮游生物是鱼类和其他水产的直接或间接食料。微生物是畜产、水产和植物生产中许多灾害性病害的病原。杀虫微生物和抗生素（微生物的产物）是防治动、植物病害的有力手段。动、植物产品和食品的腐败变质主要是微生物的作用。酒、酱、醋、酸菜、腐乳、酸乳、干酪等的生产都是以农牧业产品为原料的微生物加工产业。味精、赖氨酸、柠檬酸、葡聚糖等食品添加剂也是微生物生产业。罐头食品制造业的基础是灭菌技术。上述农业生产和加工中涉及的技术课题，都是微生物学的研究任务。