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运用分子生物学技术进行流行病学研究的边缘学科。
主要是从基因水平上分析病原体的特征，用分子杂交技术在传染源体内与环境媒介物中检出病原微生物的基因，以便更精确地研究传染源、传播途径及其与流行因素之间的关系。目前在分子流行病学研究中常用的技术有：质粒图谱分析、限制性内切酶图谱分析、基因探针与核酸杂交寡核苷酸图谱分析，见RNA病毒节段电泳分析等。
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