进入改革以来新的历史时期

1978年以后，安徽省通过贯彻“调整、改革、整顿、提高”的方针，对国民经济进行调整，较大幅度压缩了水利建设投资。按照“加强经营管理，讲究经济效益”的指导思想，清理了在建工程项目，停建、缓建了一批水利工程，水利工作的重点开始转移到管理上来。水利的投资，也重点安排现有工程的续建配套、除险加固，以充分发挥现有工程潜力。全省水利建设进入新的历史时期。
“六五”期间　1981年至1985年，安徽省在水利投入大幅度减少的情况下，根据水利发展现状调整了投资方向，减少了灌溉工程的投资比例，适当增加了用于防洪、除涝工程的投资。重点进行了淮北地区大沟除涝配套，淮河干流河道整治，行蓄洪区安全建设，长江堤防除险加固，完成了佛子岭、龙河口、董铺等大型水库和一大批中小型水库的除险加固。与1980年以前相比，这期间防洪、除涝效益增长较快，共增加20年一遇以上标准的防洪面积155万亩，3年一遇以上标准除涝面积138万亩。但由于投资减少，以及水利行业在基层的管理服务体系不健全，农村全面推行家庭联产承包责任制的过程中，基层水利管理工作未能及时适应农村变化了的新形势，致使面上灌溉设施毁坏严重，灌溉效益下降，有效灌溉面积由1980年的4007万亩下降到1985年的3592万亩，主要是淮北地区井灌面积减少较多。
“七五”期间　1986年至1990年，水利工作按照巩固改造，适当发展的原则，以发挥现有工程潜力为主，加强经营管理，进行除险加固，续建配套，更新改造，积极发展小型水利，开发小水电，搞好水土保持。除中央增加了对长江、淮河治理的投资外，省内也开始多方面筹集水利建设资金，引用世界银行贷款，利用农业开发资金、以工代赈资金、发展粮食生产专项资金等。“七五”期间用于水利的投资总额比“六五”增加90%以上。继续进行了长江、淮河及其重要支流的治理，河道堤防、水库的除险加固。同时，在不同地区确定不同的主攻方向，进行综合治理。在淮北地区，继续以大沟为单元，进行大中小沟桥涵配套和中低产田改造，大力恢复和发展灌溉工程；在淮河以南地区重点安排万亩以上灌区配套，使260多万亩农田的灌溉条件得以改善；在沿江圩区进行圩堤加固和机电排灌的补点增容，使60多个万亩以上大圩排涝标准由3至5年一遇提高到7至10年一遇，新增装机2.6万千瓦；在山区进行小水电建设和以小流域综合治理为重点的水土保持工作；对陈瑶湖、襄河、派河、汲河等河道进行了初步治理；基本完成了茨淮新河主体工程和淠史杭—巢湖引用外资项目；在全省进行的机电排灌站更新改造，不仅使400多万亩农田的排灌条件得以改善，而且产生了良好的节能降耗效益。各地利用农村水利劳动积累工，广泛开展农田水利基本建设，农村基层水利管理、服务体系也逐步建立起来。
“七五”期间水利建设效益显著。5年净增有效灌溉面积358万亩，除涝面积78万亩；淮河干流完成了涡西堤圈、涡东堤圈加固的第一期工程和部分堤段的建设；长江干流无为大堤、同马大堤按设计断面进行加高培厚和填塘固基，抛石护岸；在沿淮行蓄洪区共新建保庄圩7处、庄台93处，可解决14万人的安全定居；到1990年底，累计有2700多座水库通过除险加固达到设计防洪标准，并增加库容3亿立方米；5年新增小水电装机5万多千瓦，霍山县通过了国家第一批农村初级电气化试点县的达标验收。
1991年夏季，安徽省的淮河、巢湖、滁河流域发生了特大洪涝灾害。已建的水利工程发挥了重要的减灾效益，仅淮河中游各类工程保护范围内即减少受淹面积610万亩。但由于洪水大大超过水利工程的标准，全省的经济仍然遭受严重损失。水利作为国民经济和社会发展的基础产业和基础设施，开始引起全社会的重视。国务院再次召开治淮会议，作出了关于进一步治理淮河的决定，肯定了1981年、1985年两次治淮会议所确定的治理淮河的总体规划和主要骨干工程的格局是正确的，要求继续贯彻“蓄泄兼筹”的治淮方针，用10年时间进一步治理淮河，进一步提高淮河的防洪排涝能力，重点是扩大和整治淮河上中游干流的泄洪通道，巩固和扩大淮河下游排洪出路，进行淮北跨省骨干支流河道和沿淮湖泊洼地治理。按照治淮会议确定的目标。“八五”期间将要建设18项大型骨干工程，其中有11项在安徽境内。1991年冬，治淮骨干工程中规模最大的怀洪新河开工，掀起了又一次大规模的治淮高潮和全省范围的水利建设热潮。
水利事业的改革与法制建设　进入新的历史时期后，安徽省的水利改革不断深入。在基本建设中，逐步推行了投资包干制度和施工招标投标等竞争机制；在农田水利建设中，实行水利劳动积累工制度和“以奖代补”办法，投资与建设、管理、效益等挂钩，变无偿投资为部分实行周转金办法，提高了投资效果，促进了农田水利建设；在工程管理方面，按照简政放权和责权利相统一的原则，下放了部分工程的管理权限，农田水利工程实行专管与群管相结合，逐步建立健全基层服务管理体系；在全省进行水费制度的改革；在防汛工作中全面实行了以行政首长负责制为核心的各种形式的责任制；在投资机制上，变单纯依靠国家投资办水利为多渠道集资办水利，实行分级负责，谁受益谁负担，内外资一起用，把水利作为基础产业来办；水利工程管理单位通过改革，改变单纯管工程的做法，充分利用自身的人才优势和资源条件，发展多种经营，效益逐年增长，1992年，全省水利系统多种经营产值达3.3亿元，水库成鱼产量达3020吨，分别比1979年增长40多倍和9倍多，实现利税2400多万元；在宏观管理上，改变单纯依靠行政手段的做法，实行行政手段、经济手段和法律手段并用，逐步完善法制，走依法治水、依法管水的路子。
1988年1月，第六届全国人民代表大会常务委员会第24次会议通过了《中华人民共和国水法》，同年6月，国务院颁布了《中华人民共和国河道管理条例》。据此，安徽省人民政府、省人民代表大会常务委员会相继制订颁发了《安徽省水利工程水费收交、使用管理办法》、《安徽省实施<中华人民共和国河道管理条例>办法》、《安徽省实施<中华人民共和国水法>办法》等地方法规和规章，为合理开发利用和保护水资源，防治水害，发挥水资源的综合效益提供了法律保障。省政府明确规定省水利厅为省政府的水行政主管部门，负责全省水资源的统一管理工作，各市县人民政府也都明确本级水利部门为同级人民政府的水行政主管部门，负责本辖区内水资源的统一管理工作。全省水利执法机构和执法队伍也从无到有，逐步发展壮大。