省级自然保护区

皇藏峪自然保护区　位于萧县东南边境，1982年6月经省政府批准建立保护区。保护区总面积3.4万亩，森林覆盖率59%，以瑞云寺为主的核心保护区7000亩。保护区内有木本植物130多种，其中以古银杏、大叶朴、黄桑、黄栌、元宝槭等为最珍贵，还有58种鸟类和兽类。
皇甫山自然保护区　位于滁州市西郊，1982年6月经省政府批准建立。保护区总面积5.38万亩，核心保护区2.63万亩，为北亚带落叶阔叶林，森林覆盖率达72%，区内有各种鸟类120余种栖息繁衍，有140余种木本植物，以栎类、榆科植物为优势以及万亩林桐和整齐的黄檀。每年四月，数万只鹭鸟迁徙到此，聚息树冠，一片白色，美称曰“白鹭州”。
马鬃岭自然保护区　位于金寨县西南，1982年6月经省政府批准建立保护区。总面积52352亩，核心保护区20700亩，森林覆盖率高达93%，最高峰月亮坳海拔高度1671米，植物资源有列为国家保护的香果树、连香树、领春木、大别山五针松等，动物资源有鸟类58种、兽类18种。
清凉峰自然保护区　保护区分南北两坡。南坡歙县部分，1982年6月经省政府批准建立。北坡绩溪部分，1986年2月批准建立。清凉峰系天目山主峰，海拔高度1787.4米。位于歙县境由内的清凉峰南坡保护区，总面积为15000亩，该区有木本植物480余种，其中30多种为国家保护植物，省级保护植物三尖杉、青钱柳十分丰富，南方铁杉纯林为省内所罕见。位于绩溪县境内的清凉峰北坡保护区，总面积为45000亩，该区有木本植物433种，陆栖野生动物135种，其中黑麂为国家一级保护动物。
升金湖水禽自然保护区　位于东至、贵池两县交界处，与黄山西侧余脉相连。1982年2月经省政府批准建立。保护区总面积 50.1万亩，核心保护区为面积20.1万亩的湖面，其余为沿湖岸缓冲区。湖中可见水禽有43种，其中候鸟19种，列为国家重点保护的13种，如白鹳、白头鹤、天鹅等，这些鸟类世界存数不多，而有的如白鹳，占世界总数的1/8在这里越冬，因此，国际上对鹤类的保护发展寄希望于中国。
扬子鳄繁殖研究中心　位于宣州市，占地面积1500亩，为恢复种群，模拟鳄的自然生态环境建立的人工饲养繁殖研究基地，1983年3月，省林业厅和林业部自然保护司联合建设，并承担国家下达的《扬子鳄野外生态、生物学特征和人工饲养繁殖技术》研究项目。
天堂寨自然保护区　位于金寨县南部，1990年4月经省政府批准建立。保护区总面积20000亩，核心保护区10000亩，主峰海拔高度1729米，森林覆盖率达到95.4%，保护区内有木本植物568种。