明至康熙六年

明朝建立后，在地方上废除行省制度，另设十三布政使司和南北两直隶。南直隶辖有今江苏、安徽两省。安徽当时分属七府以及四个直隶州。从这时起，安徽省界和县名才基本定型。
凤阳府：领凤阳、临淮、怀远、定远、五河、虹五县以及寿州(领霍丘、蒙城二县)、泗州(领盱眙、天长二县)、宿州（领灵璧县）、颍州(领颍上、太和二县)和毫州。
庐州府：领合肥、舒城、庐江三县及无为州（领巢县）、六安州(领英山、霍山二县)。
安庆府：领怀宁、桐城、潜山、太湖、宿松、望江六县。
太平府：领当涂、芜湖、繁昌三县。
池州府：领贵池、青阳、铜陵、石埭、建德、东流六县。
宁国府：领宣城、南陵、泾县、宁国、旌德、太平六县。
徽州府：领歙县、休宁、婺源、祁门、黟县、绩溪六县。
徐州：安徽境内的萧县、砀山县属之。
滁州：领全椒、来安二县。
和州：领含山县。
广德州：领建平县。
清顺治二年(1645)改明南直隶为江南省，设江南布政使司，在安徽境内置凤阳巡抚和安庐池太巡抚，兼理操江军务。顺治六年(1649)废。顺治十八年(1661)，又设江南左右布政使司，右布政使驻苏州，左布政使驻江宁（今南京）。以左布政使领安庆、徽州、宁国、池州、太平、庐州、凤阳、淮安、扬州九府以及徐、滁、和、广德四州，基本上包括了今天安徽省全境。康熙六年(1667)，撤销江南省，正式改定江南左布政使司为安徽布政使司，仍驻江宁，时称“安（庆）徽（州）宁（国）池（州）太（平）庐（州）凤（阳）滁（州）和（州）广（德州）等处承宣布政使”，简称安徽承宣布政使司。这是安徽正式建省的开始，建省初期的行政区划，基本同于明朝。