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主要表现有五个方面：一是种类组成比较贫乏。高等植物种数在全国只占12.1%，单种科、属与寡种的科、属相当多。二是自然地理区域分配不均匀。三是有一定的特有种。如东疆沙拐枣、精河沙拐枣、新疆沙冬青等。四是有一定的短命植物和古老种。五是区系的地理成分比较复杂。主要成分有中亚西部、亚洲中部、旧大陆温带和世界广布成分等。
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