密码标点法

在翻译信息核糖核酸时，阅读是从5′末端移向3′末端(蛋白质合成从N末端向C末端)，三联体之间并无逗点，所以密码标点法是指蛋白质合成的起始信号和终止信号。最初一批以人工合成多核苷酸作信息的在无细胞体系进行的蛋白质合成实验 （如多聚尿苷酸指导多聚苯丙氨酸的合成），曾令人误认为mRNA上并无起始信号，并假定认别mRNA上第一个密码子的任何tRNA都可起始蛋白质的合成。及发现体内有N甲酰甲硫氨酰-tRNA的形成，才猜想这正是起始氨基酰-tRNA; 因为它的氨基既已封闭，就只能出现在多肽链的N末端位置上。现知原核细胞的蛋白质合成确是由N甲酰甲硫氨酰-tRNA起始的，而真核细胞也是由另一种甲硫氨酰-tRNA （体外可酶促将其甲酰化）开始合成的。
体外实验证明为起始甲硫氨酰-tRNA编码的是AUG和GUG这两个起始密码子，不过GUG用得极少。真核细胞的起始密码子也是AUG。不少证据表明，单是AUG这个起始密码子尚不足以启动蛋白质的合成，完备的起始信号还包含一段担负与30s亚单位结合的序列或结构。尽管已经分析了不少mRNA起始密码子周围片段的序列，但还找不出规律。下面列出大肠杆菌核糖体识别的起始序列。下面划有横线的地方是起始密码子和可与16s RNA 3′端AUUCCUCCACUAG…互补配对的序列。真核细胞mRNA 5′端含m7GpppN′(m)-N″(m)-帽子结构，被认为是mRNA-核糖体起始复合体形成的识别信号。帽子和起始密码子的距离不定，最短的有十余个核苷酸。

肽链合成的终止也并非核糖体在mRNA上移动到了头，而是mRNA上出现终止信号，即UAA、UAG和UGA中任一个。它们分别称为赭石(ochre)、琥珀(amber)和猫眼石(opal)。在用人工合成多核苷酸作破译密码研究(参见“遗传密码”)时就发现这三个密码子不为任何氨基酸编码。比较一些mRNA和蛋白质的一级结构也证实它们是终止密码子。在大肠杆菌里实现真核细胞基因的表达的实验中，人工合成的生长激素释放抑制因子基因就采用了UGA、UAG两个终止密码子(为保证合成终止，接连用两个终止符号)，蛋白质合成果然就在该处终止。不像AUG密码子还担负为肽链内部甲硫氨酸编码的双重身份，这三个密码子不为氨基酸编码（不算校正基因），而且仅仅一个终止密码子本身就是完整的肽链合成终止信号。