1645年3月，清命投充旗下汉人，逃走者定律治罪。
4月，督师史可法守扬州孤城，血疏告急，明弘光帝不应。城破，史可法宁死不降，惨遭杀害，所部迎战至人尽矢绝。清军入城纵兵屠掠十日，史称“扬州十日”。
6月，清攻占南京，明弘光帝于芜湖被俘，斩于北京。13日，清军至杭州，明潞王迎降。
清行严令剃发，不从者军法从事。唐王称帝（朱聿键）于福州，年号隆武；明鲁王（朱以海）监国于绍兴，两人分拥重兵，自主一方。太湖渔民张三白头军抗清。
7月，嘉定人民反剃发令，坚守孤城，抗击清军。自6月至8月，3次抗清，3次城破，遭3次大屠杀，时义民投河，水为之不流，史称“嘉定三屠”。清命军民衣冠悉遵清制。
8月，江阴诸生百姓集会誓言：“发决不可剃！”旋捕杀清所授之县令，据县城挫20余万清军进攻，打死清军75 000人，毙其“三王十八将”。守城81天，因众寡悬殊等因城破，清令“满城杀尽后封刀”，城内死97 000余人，城外死75 000余人，仅存53人。
9月，大顺军李锦、高一功联何腾蛟抗清。
12月，清罢内监朝参制。陕西固原武大定率众奋起抗清。
经济
1645年布里阿德[法]提出，行星和太阳间开普勒力的大小与其距离的平方成反比。是万有引力定律的先驱。
地学
1645年汤若望改明礼部历局所组织编写的《崇祯历书》，增加《筹算》和《筹算指》各一卷，成《西洋新法历书》献于清，成为史馆历法教材。
清政府下令颁行汤若望的《时宪历》，该历的特点是：采用西方的方法推算，改平气为定气。该历一直沿用到1911年。
农学
1645年蒙古和硕特部顾实汗赠达赖四、五世师父日喀则扎布伦寺主持罗桑却吉坚赞为“班禅博克多”，是为班禅名之始。哲学家刘宗周卒。刘氏著有《刘子全书》。史学家夏允彝卒。夏氏著有《幸存录》等。
2月，清更国子监孔子牌位为“大成至圣文宣先师孔子”。
5月，清命满洲弟子入学。
11月，以汤若望掌钦天监事对《崇祯历书》删改成《新法历书》。
政法
1645年清定诸王大庄田数。湖北枣阳、襄阳、光化、宜城大饥，人相食。
2月，禁内务府管领投充汉人及冒占田宅，严禁庄头横行。
2月，清铸钱于大同、密云。
3月，免山东顺治二年分荒地额赋。
5月，清铸钱于陕西。兴建太和殿、中和殿、仁育宫。时乾清宫成。
6月，命停开山东招远芝山银矿。
闰七月，黄河决于王家园。
7月，河决山东兖西新筑之月堤。
军事
1645年2月，清军占潼关西安。李自成败退襄阳。清军至徐州进军南京。
3月，清军占河南归德。
4月，清军占亳州等围扬州，史可法统率军民坚守，至死不降，城破遭屠。
5月，清军水陆两路围义军于武昌，李自成失武昌至通山九宫山，亲率二十余骑登山，遭地主团练袭击，被杀，年仅39岁。余部与明巡抚堵胤锡合力抗清。清军占镇江、南京、芜湖等。
6月，清军占无锡、苏州至杭州。
7月，清军破嘉定，大屠之。著名抗清领袖侯峒曾英勇就义。
8月，清军破江阴，并大屠之。
9月，南明鲁王攻杭州，败北。清占江西11城府。
10月，鲁王再攻杭州，败。
11月，清军进攻义军张献忠。
12月，明臣黄道周北伐抗清。败于广信等地被俘。
1645年荷兰法学家格劳秀斯逝世。他以国际法的研究著称，著有《公海自由论》、《战争与和平法》。
政法
1645年阿马蒂[意]发明大型阿马蒂琴。该琴特点为音孔短且弯曲、音色甜美、演奏低音效果最佳。
1645年英国议会通过克伦威尔提出的《新模范军法案》，任命费尔法克斯、克伦威尔为正、副司令，组建新模范军，共有11个步兵团、12个骑兵团、1 000名龙骑兵，以连为基本单位；撤换了大批长老会派旧军官，加强纪律性，提高议会军战斗力。
6月14日 英国“新模范军”与国王军主力进行纳斯比战役，王军大败。大批文件落入议会军手中，激起民众对国王的愤怒。
土耳其与威尼斯争克里特岛的战争开始。
1645年清廷开始重建李自成离京时焚毁的故宫名殿。中极殿工成，更名中和殿，为朝廷举行大典时演习礼仪之地。不久，乾清宫竣工。
西藏的第巴·索南饶丹开始在拉萨建造布达拉宫。到1653年建成五世达赖喇嘛罗桑嘉措的寝宫——白宫部分，包括德阳厦、北佛殿、东佛殿（措木钦厦）、经堂和一个高60米、面积达1 600平方米的平台。
1645年3月，京师（北京）天花流行。为防止传染，巡视南城御史赵开心在城外东西南北20千米处各建一村，隔离患者。
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