由于贮藏方法不合理，鲜肉在贮藏过程中质量会下降，甚至腐败变质。鲜肉在贮藏过程中质量变劣主要表现在微生物的数量增加和色泽变差两个方面。
(一)肉表面微生物繁殖造成肉的腐败
新鲜肉表面初始微生物数量为103～104cfu／cm2。在有氧条件下，优势菌为假单孢菌，在无氧条件下，优势菌为乳酸菌。细菌大都生存在肉的表面。肉表面细菌由于分解蛋白质和其它营养物质，使肉表面发黏，产生臭气，在很短时间内腐败变质。
(二)色泽的变化
肉中肌红蛋白因氧化成褐色高铁肌红蛋白而影响到肉的外观颜色的接受性。消费者评判肉新鲜与否的一个重要标志就是肉的颜色。鲜红色的肉是最受欢迎的鲜肉颜色。肉的颜色取决于肌红蛋白和血红蛋白的化学状态。刚宰杀的肉呈紫红色，当暴露于空气中时，在高氧分压下易氧合成肌红蛋白，使肉呈鲜红色。随后进一步氧化形成高铁肌红蛋白，使肉变暗呈褐色。在低氧分压下(如真空包装中)，氧合肌红蛋白转化为肌红蛋白，并进一步转化成还原肌红蛋白。肉在无氧条件下可有效防止褐变、氧化。