注意事项有：(1)各级财政总会计，凡不属于规定的退库范围的项目，均不准冲退；(2)办理收入退库应由申请退库单位提出“收入退还申请书”，按规定程序报经审查批准；(3)属于中央预算收入退库，应经财政部或由其授权的主管征收机关批准，从中央金库退付；属于地方预算固定收入退库，由地方财政部门或由其授权的主管征收机关批准。地方预算分成收入的退库，按规定的分成比例，分别从上级和本级国库退付，其他收入退库均从地方金库中退付；(4)各级财政部门原则上不应自批自退国库收入，除地方工商税附加，可由国库按比例退库转帐外，其他特殊情况需要自退预算收入的，必须报经批准；(5)国库存款余额不足时，不能退库，当日收入不足退付上级财政的预算收入时，应划付上级国库；当日收入不足退付分成收入时，按上解分成比例冲减上解支出和国库存款；(6)收入退库统一集中在市、县(市)财政部门开立金库帐户的行、处(或营业部)办理，其他办事处，分理处和农村营业所不得办理；(7)加强退库凭证的管理，严格手续、退库凭证一律盖财政部门的拨款印鉴或县以上(含县)税务局公章，方为有效。