除草剂可以被植物的叶、茎、根和幼芽吸收。不同的除草剂类型和不同的使用方法，杂草对除草剂的吸收和运转途径也不同。
1．叶片吸收 茎叶处理型除草剂可经过叶表皮和气孔进入植物体。叶表皮是由蜡质层和角质层构成，由于除草剂亲水性与亲脂性的差别，渗入的部位不同。通常水溶性强的药剂从表皮蜡质层薄的地方渗入，脂溶性药剂易由蜡质层厚的部位进入。内吸型除草剂沿韧皮部筛管和光合作用形成的糖向全株传导，并积累在旺盛的生长部位。
2．茎部吸收 茎部吸收可以同时向上、下两个方向传导，直接破坏韧皮部组织，阻碍水分和营养物质的输送，使除草剂更易发挥效果。
3．根部吸收 大多数土壤处理型除草剂在土壤中被植物的根、幼芽、胚芽鞘和下胚轴吸收，杂草刚刚萌发即被杀死。如氟乐灵、甲草胺等。
被根吸收的除草剂沿木质部导管内的蒸腾流一起向上运转，发挥药效作用，如西玛津、扑草净等。
触杀型除草剂被植物吸收后，药剂在细胞间局部扩散移动而不运转，引起邻近细胞死亡。