HACCP方式与上述各原则及采取的有关措施和记录，例如危害分析、CCP、标准范围、监控方法、CCP检测结果以及偏离时的修正措施等都应建立保存系统，以便有效管理。
HACCP计划和各种记录文件必须存档在食品卫生监督机构和自身企业中，保存的记录应能证实所加工的每批成品的安全性，而不是依赖于对成品的检验，监督检查时应注意对资料的审查，并对监督员不在现场时也能确保GMP连续的措施进行审查。要求保留的HACCP记录还包括：①原料和成分材料；②与产品安全的有关记录；③加工过程；④包装；⑤贮存和销售；⑥偏差与修正；⑦更改记录等。
在CCP检测结果的记录中还应包括产品名称、批次或生产线代号、制造日期等。在标准作业程序等文件中必须具体明确记录谁、何时、何地、怎样，并要有HACCP负责人或工段长等人的签名。
保存管理这些记录，可以在追究事故发生原因时很容易查明当时制造或卫生管理的状态。在必要采取产品回收措施时可以特别指定最后产品的批次。另在发生产品索赔或发生疑问时也可以证明按记录文件记载合理生产，因而可以分清制造者责任。