(1)立卷建档：凡记录检查过程、反映检查结果、证实检查结论的文件、数据资料及工作底稿都应立卷归档。主要包括：立项依据、检查方案、检查通知书、“检查前问卷”及反馈材料、被检查单位的自查报告、工作底稿、分项目事实确认书及证明材料、内审初步意见、检查报告、内审结论和处理决定、被检查单位的反馈意见、整改报告等。
(2)建立档案目录：归档的案卷，应根据检查工作流程、归档顺序编写案卷目录。
(3)制作卷皮：卷皮内容应按档案分类管理的规定，逐项填写清楚，注明密级、保管期限、顺序号等。
(4)装订成册：档案内容资料齐全后，进行装订；装订成册的档案，按档案管理有关规定执行。