改革后联行往来帐务的处理相对来说较改革前简便，不再设置联行往帐、联行来帐、未核销报单款项、已核对联行来帐等科目，新发布的金融企业会计制度只规定了“存放联行款项”和“联行存放款项”两个一级科目，联行之间往来应分清签发“联行往来借方凭证”及受理“联行往来贷方凭证”与签发“联行往来贷方凭证”及受理“联行往来借方凭证”分别进行会计处理。签发借方凭证和受理贷方凭证则借记“存放联行款项”科目，签发贷方凭证和受理借方凭证则贷记“联行存放款项科目”。这对科目的余额在期末按余额较小的一方对转，对转后若“存放联行款项”有余额，则按规定计算应收利息。