对在台湾具有合法地位的宗教，总的应本着“互相尊重、互不隶属、互不干涉”的原则，对台湾同胞的宗教信仰，应予尊重，不歧视，不干涉。
台湾宗教职业人员和信徒来大陆，可以携带自用的在大陆合法的宗教经典；其他宗教宣传品一概禁止入境。他们在大陆期间，可以到开放的教堂、寺观过宗教生活，但不允许从事传教、发展教徒和建立教会的活动。如有进行传教活动的，应向他们说明大陆的宗教政策和有关法规，进行劝阻。一般情况下不要采取限制人身自由的强制措施。
对来大陆探亲旅游的台湾会道门人员，对他们的个人信仰不予干涉，但不准携带会道门经书、刊物、道具入境，不允许在群众中传播或发展成员、恢复道务、建立组织。