保护专利权，从实质上讲就是保护已被侵犯的专利权，换言之，即是为了恢复专利权人的权益而对侵犯专利权的人适用法律规定的强制性措施。但是，在实际生活中侵犯专利权的违法行为的性质不尽相同，有的是行政违法行为，有的是民事违法行为，有的则是触犯刑律的犯罪行为。因此，对专利权的保护方法也相应地有行政法保护，民法保护和刑法保护三种。
专利权的行政法保护是通过行政法律程序对专利权实行的保护；专利权的民法保护是通过民事诉讼程序对专利权实行的保护。根据我国专利法的规定，对未经专利权人许可，实施其专利的侵权行为，专利权人或者利害关系人可以请求专利管理机关进行处理，也可以直接向人民法院起诉。专利管理机关处理的时候，有权责令侵权人停止侵权行为，并赔偿损失；当事人不服的，可以在收到通知之日起3个月内向人民法院起诉；期满不起诉又不履行的，专利管理机关可以请求人民法院强制执行。
专利权的刑法保护是通过刑事诉讼程序对专利权实行的保护。我国专利法中亦有对专利权进行刑法保护的规定。