(1)原发性来源 患有传染病的病鱼是传染性鱼病病原体的贮藏者或带菌者。病鱼痊愈后，仍能在很长一段时间内，继续保持或排泄病原体，成为带菌者。传播方式主要靠直接接触或靠排泄大量病原体污染水环境，而传染给健康鱼群。患有细菌性肠炎病的当年草鱼和健康鱼混养，条件适宜可以引起健康鱼发病。
病鱼的尸体也是传染性鱼病的原发性来源。这死鱼尸体带有大量病菌，会污染水环境，扩大污染范围，造成疾病的蔓延。
(2)次发性来源 发病鱼池的池水、底泥、残饵和使用过的养鱼工具等，如接触无病鱼池，也会遭到污染而使鱼发病，这属次发性来源。鱼类的某些传染性病原体能在池底污泥中生存很久，能营腐生生活，自行繁殖。
许多水生动物和食鱼动物，如水生昆虫、蛙、水蛇、龟、鳖、翠鸟、水鼠等鱼类敌害，经常往来于发病鱼池和无病鱼池之间，也可能成为病原体的传播者。