将计算机会计数据处理和手工数据处理会计相比较，可以看出，二者的循环程序基本相同，但二者还是存在以下差别：
(1)存储能力及其介质不同。会计数据处理均须借助于日记账、总分类账、明细分类账等来完成，但在手工数据处理会计中采用的是订本、活页、卡片等账簿，其存储能力有限，且查找较困难。而计算机会计采用磁盘形式的账簿，存储能力大，查找容易。
(2)受人工干预程度不同。计算机会计的一个重要标志是会计数据处理的自动化。数据一旦进入处理系统后，整个处理过程自动完成，不需要人工干预。而人工数据处理会计从原始凭证审核开始，直到编制会计报表均须会计人员完成。
(3)灵活性和适应性不同。人工数据处理会计对一些特殊事项，可以依据合理性和合法性确定其会计处理方法，而计算机会计则无法识别这些非经常、非惯例项目的处理。同时人工数据处理能不断适应新情况，如会计改革，但计算机会计则必须投入较大的人力修改程序才能适应新情况。