亏损审计，系指对企业经营性亏损所实施的审计。对经营性亏损进行审计时，必须检查导致亏损的诸原因，分析是由自然灾害所致，还是由于人为的因素。如因企业主管者或部门渎职造成的亏损、浪费或丢失，就要由当事人承担经济责任，根据情节轻重，应付出一定的赔偿或受到行政甚至法律的惩罚。
分析企业亏损的原因时，也必须检查该企业在职工工资、福利、劳保、奖励、生活津贴等方面的支付是否合理。对亏损的企业实施审计的主要任务是：
(一)揭露企业违反国家政策的不法行为；
(二)分析和追究造成企业亏损的主要原因与责任；
(三)监督和促使被审企业采取有效措施，改进经营管理办法；
(四)督促被审企业健全各项制度，为其转亏为盈取得实效。